Nhờ công lao cần vương, Minamoto no Yoritomo được Nhật hoàng trao cho quyền bổ nhiệm, sa thải các chức vụ ở miền Đông. Với quyền hành này, Yoritomo đã thành công trong việc đưa người của mình vào nắm các chức vụ quan trọng ở miền Đông và tiến tới ở cả triều đình. Quan trọng hơn cả, ông đã dùng quyền này để thu phục tầng lớp võ sĩ không chỉ ở miền Đông mà cả toàn Nhật Bản. Ông đã trở thành lãnh tụ của tấng lớp võ sĩ, một tấng lớp vốn bị giới quý tộc coi thường trong thời kỳ Heian, đã trở nên có quyền lực hơn vào cuối thời kỳ này. Năm 1190, Yoritomo được phong chức Hữu cận vệ đại tướng, chỉ huy lực lượng bảo vệ Nhật hoàng. Nhưng ông sớm từ chức. Năm 1192, ông được phong chức Shogun - Chinh di đại tướng quân.

Sáng lập nên chế độ Mạc phủ

Chức Shogun thực chất chỉ là tư lệnh lực lượng quân sự tại miền Đông. Nhưng Yoritomo đã lợi dụng vị thế này để thành lập một bộ chỉ huy đồ sộ ở Kamakura, cách xa Heian ở miền Tây, để chỉ huy tấng lớp võ sĩ của Nhật Bản. Ông gọi nó là bakufu - mạc phủ. Chế độ mạc phủ đã được Yoritomo phát minh. Đặc trưng của chế độ mạc phủ là tồn tại hai tầng quyền lực chính trị. Một của Nhật hoàng và các quý tộc ở kinh đô. Và một của Shogun và tấng lớp võ sĩ. Dòng họ Nhật hoàng vẫn được tôn phù. Các chức quan tại triều đình của các dòng họ quý tộc không bị xâm phạm. Nhưng quyền lực chính trị tối thượng ở Nhật Bản lúc đó nằm trong tay giai cấp có sức mạnh nhất, đó là tấng lớp võ sĩ chứ không phải giới quý tộc. Và do đó, quyền lực chính trị trong thực tế thuộc về mạc phủ.

Sau này, các mạc phủ của các gia tộc khác cũng xuất hiện ở Nhật Bản với cấu trúc và chức năng có thể cao hơn. Song khởi đầu của chế độ mạc phủ chính là từ phát minh của Minamoto no Yoritomo.

Sáng lập nền chính trị võ gia

Tầng lớp võ sĩ Nhật Bản vốn trước đó chỉ gồm những kẻ có võ nghệ, vũ khí và có đôi chút kỹ năng công việc nên được các quý tộc và hào tộc thuê làm quản gia, làm người thu thuế và áp tải hàng hóa. Trong con mắt của giới quý tộc, các võ sĩ chỉ là những hạng võ phu và bị coi thường. Loạn lạc vào cuối thời kỳ Heian đã khiến các võ sĩ trở nên được sử dụng nhiều hơn. Kỹ năng và võ nghệ của họ nhờ thế được phát huy và có cơ hội được hoàn thiên. Nguồn lực tài chính của họ cũng khá hơn trước. Tầng lớp võ sĩ tự nhiên muốn có địa vị xã hội cao hơn và có quyền lực lớn hơn. Minamoto no Yoritomo đã giúp họ đạt được điều đó.

Yoritomo là thành viên của tầng lớp quý tộc. Khi bị dồn vào cảnh lưu đày, ông đã dựa vào tầng lớp võ sĩ để trở lại vị trí quyền lực. Và để dựa vào họ để duy trì và củng cố vị trí đã giành được của mình, ông đã gia nhập tầng lớp võ sĩ, nhận mình là lãnh tụ của tầng lớp này. Ngoại trừ các trang ấp của các quý tộc, Yoritomo với vị thế của mình đã sử dụng các võ sĩ để kiểm soát tất cả các vùng đất ở Nhật Bản. Để vị trí và quyền lực của tầng lớp võ sĩ và cũng là của chính mình không làm tầng lớp quý tộc quá khó chịu, ông đã không xâm phạm đến các quyền lợi và chức vị của các quý tộc, đồng thời đặt mạc phủ, tức đại bản doanh của ông và là bộ máy lãnh đạo của tầng lớp võ sĩ ở Kamakura, một nơi có địa hình phòng thủ tốt và xa kinh đô. Tầng lớp võ sĩ từ đây trở thành một thế lực chính trị thực sự và càng ngày càng lớn mạnh và giành được nhiều quyền lực hơn để rồi sau này trở thành thế lực chính trị tối cao ở Nhật Bản.

Khởi xướng truyền thống thực quyền thuộc kẻ dưới

Với mục đích thao túng chính trị Nhật Bản, với quyền hành được bổ nhiệm và bãi nhiệm các chức vụ ở miền Đông, Minamoto no Yoritomo đã đặt ra nhiều chức vụ chưa có tiền lệ ở Nhật Bản và đưa các võ sĩ của mình vào những chức vụ đó. Bắt đầu từ đây một chế độ cai trị đất nước mới trong đó tầng lớp quý tộc lãnh đạo các mặt về văn hóa và tôn giáo, còn tầng lớp võ sĩ lãnh đạo các mặt về chính trị và quân sự. Tầng lớp quý tộc về danh nghĩa vẫn là tầng lớp trên tầng lớp võ sĩ, nhưng lại không có nhiều quyền hạn bằng tầng lớp võ sĩ.

Ngay trong tầng lớp võ sĩ, Yoritomo không định nắm hết mọi công việc. Ông đặt ra một văn phòng trong Mạc phủ và trao cho văn phòng này quyền hành thiết kế và thực thi nhiều chính sách.

Truyền thống kẻ dưới nắm thực quyền ở Nhật Bản bắt đầu từ đây.